Il Consiglio Direttivo Nazionale della Federazione, organo vicario del Congresso, è composto dai  membri eletti dal Congresso Ordinario, e nominati esclusivamente fra i candidati dalle organizzazioni federate, indicati dai rispettivi presidenti. I presidenti delle FISH Regionali sono componenti di diritto del Consiglio Direttivo.

Il numero degli eletti nel Consiglio Direttivo Nazionale non può essere inferiore al numero dei  Presidenti delle FISH Regionali, e non può in ogni caso essere inferiore alla cifra di tredici membri.

Il Consiglio Direttivo Nazionale, tra le sue responsabilità:

• approva, se del caso, uno o più Regolamenti per l’attuazione dello Statuto;

• predispone il progetto di bilancio consuntivo e preventivo nonché la proposta di programma da sottoporre per approvazione al Congresso;

• delibera tutti gli atti di straordinaria amministrazione;

• assume le deliberazioni di esclusione e/o commissariamento delle FISH Regionali;

• esercita i poteri di nomina che gli siano attribuiti da Statuti o Atti Costitutivi di altri Enti.

Il Consiglio Direttivo Nazionale della FISH attualmente in carica (dal marzo 2011) è composto da 31 membri:

• Pietro Vittorio Barbieri – Presidente Nazionale FISH
• Mario Alberto Battaglia – Direttore Generale AISM
• Antonio Cotura – Presidente FIADDA
• Francesco Diomede – Presidente FINCO
• Paolo Fogar – Presidente FNACT
• Ivo Manavella – Vicepresidente ANFFAS
• Mario Melazzini – Presidente AISLA
• Emilia Napolitano – Presidente DPI
• Giulio Nardone – Presidente AVD
• Salvatore Nocera – Vicepresidente Vicario
• Dario Petri – Presidente ABC
• Donata Vivanti – Presidente Autismo Italia
• Giuliana Gaspari Servadei – Presidente FISH Emilia-Romagna
• Fulvio Santagostini – Presidente LEDHA
• Piergiorgio Maggiorotti – Presidente FISH Piemonte
• Antonino Russo – Presidente FISH Veneto
• Annunziata Coppedè – Presidente FISH Calabria
• Alfio Desogus – Presidente FISH Sardegna
• Vincenza Ferrarese – Presidente FISH Basilicata
• Vincenzo Falabella – Presidente FISH Puglia
• Agostino D’Ercole – Presidente FISH Toscana e Vicepresidente Nazionale
• Generoso Di Benedetto – Presidente FISH Campania
• Bruno Tescari – Presidente FISH Lazio
• Corrado Adamo – Presidente Co.Di.VdA Valle D’Aosta
• Emilio Rota – Presidente Fondazione “Dopo di Noi” ANFFAS
• Maurizio Pietropaoli – Vicepresidente AIPD
• Mario Chimenti – Tesoriere ANGSA Nazionale e Segretario della Federazione Fantasia
• Roberta Amadeo – Past President AISM
• Maria Macrì – Consigliere Nazionale UILDM
• Simone Vannini – Vicepresidente Retina Italia
• Luisa Meacci – Presidente FISH Umbria